El área de producción de vino de Rioja no coincide exactamente con la comunidad autónoma del mismo nombre, como a veces se piensa. La zona de cultivo y elaboración amparada por la Denominación de Origen Calificada es una región natural, delimitada por accidentes geográficos, que comprende municipios pertenecientes a tres provincias del noreste de España: Álava, La Rioja y Navarra.

La mayor parte de estos municipios (118), de los viñedos (unas 44.000 hectáreas) y de las bodegas (305) se encuentra en la comunidad autónoma riojana. Pero la parte alavesa de la Denominación reúne también un elevado número de bodegas (280), a pesar de que su superficie de cultivo es mucho menor (en torno a 13.000 hectáreas distribuidas en 18 municipios). Por su parte, Navarra aporta a la Denominación de Origen unas 6.700 hectáreas de viñedo y 15 bodegas, localizadas en 8 municipios.

A efectos de viticultura y enología, sin embargo, el Consejo Regulador de la Denominación de Origen no tiene en cuenta estas fronteras administrativas, sino que identifica tres subzonas productivas atendiendo a su situación, clima y composición de suelos: Rioja Alta, Rioja Baja y Rioja Alavesa. La Rioja Alta se encuentra en el noroeste de la comunidad autónoma riojana. La Rioja Baja se sitúa en el este, e incluye 42 municipios riojanos y los 8 municipios navarros adscritos a la Denominación. Y la Rioja Alavesa es una comarca histórica de Álava, ubicada en la frontera sur del País Vasco y separada de la Rioja Alta por el río Ebro.